El juez José Agustín Fernández, quien intervino en el descubrimiento de los Archivos del Terror junto a Martín Almada, contó la travesía del primer caso histórico de Habeas Data en el país. Destacó como “héroe civil” a Martín Almada por ser quien dio con el “Archivo del Terror”.
Hay un antes y un después del descubrimiento de los Archivos del Terror en el Paraguay, define el juez que dirigió el operativo el 22 de diciembre de 1992, José Agustín Fernández. En esta entrevista, rememora el acontecimiento y señala que la libertad se impuso a los autoritarios.
Con las leyes clásicas ya no se combate el crimen, porque todo es dinero y poder, y contra eso hay que luchar con armas modernas, advierte José Agustín Fernández, aquel juez que portara la orden de allanamiento para descubrir los Archivos del Terror hace 25 años. En esta entrevista, Fernández, que se postula a miembro de la Corte, asegura que este es el momento propicio para forzar la independencia del Poder Judicial.
El camarista en lo penal José Agustín Fernández, candidato para presidir la Asociación de Magistrados Judiciales del Paraguay, denunció la grosera injerencia en la Justicia y el tráfico de influencias que se realiza desde el Jurado; y dijo que este órgano ya no debe ser integrado por políticos. También habló de los litigantes de mala fe, entre otros temas.
El abogado Rubén Ramón Lovera cuestionó la falta de igualdad procesal de los camaristas Emiliano Rolón y José Agustín Fernández, quienes en un caso de homicidio doloso en grado de tentativa a dos procesados les otorgaron la libertad y a su clienta le niegan este beneficio.
El juez José Agustín Fernández, miembro del Tribunal de Apelación del fuero penal de Asunción, ya había señalado que los jueces y fiscales sí pueden ser procesados por el delito de prevaricato. En un artículo publicado el 26 de agosto de 2013, en el suplemento Judicial de ABC Color, firmado por el magistrado, el mismo había hecho un análisis sobre el tema puntualizando las situaciones en las cuales un magistrado puede caer en este delito. Citando a juristas y leyes, además de jurisprudencias para dar una opinión justa, queda en claro que la ley alcanza a todos, según Fernández.