La reserva ya fue declarada Parque Nacional en 1992, pero las 78.000 hectáreas que la integran aún no han sido consolidadas como área protegida, según la ONG Guyra.
Por ello, la organización realiza desde 2001 un programa privado de compra de tierras dentro de esta zona, para asegurar la conservación del lugar, que contiene el último remanente del Bosque Atlántico del Alto Paraná.
En el marco de este plan, Guyra adquirió las 500 hectáreas que donó hoy a la Seam, y que serán declaradas por ley como área silvestre protegida bajo dominio público.
Además de la Reserva San Rafael, la asociación Guyra Paraguay trabaja en dos espacios protegidos en el distrito de Bahía Negra, en el norte de Paraguay, y otro cercano al Parque Nacional de Médanos del Chaco, también en el norte, dentro de la región del Gran Chaco Sudamericano.
También gestiona un proyecto de recuperación del hábitat de aves migratorias en la Bahía de Asunción, en una zona de 25 hectáreas afectadas por el dragado del río Paraguay.
Por su parte, la Seam mantiene en estudio la concesión de autorizaciones ambientales para dos proyectos de prospecciones geológicas, uno de ellos para búsqueda de hidrocarburos, y otro con el fin de analizar el material pétreo.
Ambas iniciativas están proyectadas sobre una superficie de dos millones de hectáreas en las que se encuentran ubicados los Parques Nacionales Defensores del Chaco y Médanos del Chaco (norte).
Ante las críticas de grupos ecologistas a estos dos proyectos, la Seam aseguró a mediados de abril que no permitirá que se realicen actividades en los Parques Nacionales que pongan en peligro su riqueza y diversidad.