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La institución fue creada, con el nombre de Liceo Privado San juan Bautista, el 2 de marzo de 1988, por la profesora Sebastiana Bogado de Cálcena. En el año 1989 el colegio cambió de nombre con la denominación de Liceo Nacional San Juan Bautista.
Empezó a funcionar, el ciclo básico, en el Centro Educativo 237 Dr. Pedro P. Peña, y con el crecimiento natural se implementó el bachillerato humanístico. El local propio se construyó en base a la colaboración de alumnos, padres de familia y toda la comunidad educativa.
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El 3 de setiembre de 1993 en coincidencia con el aniversario de la muerte del primer obispo monseñor Bogarín Argaña, el Ministerio de Educación por resolución ministerial designó a la institución con el nombre Escuela Nacional de Comercio Monseñor Ramón Pastor Bogarín Argaña. También ese año la institución lanzó a la comunidad a los primeros egresados de bachillerato humanistico.
Años más tarde bajo la dirección del director profesor Pánfilo Leguizamón se implementó el Bachillerato Técnico en Contabilidad y Mercadotécnia, además del humanistico en las modalidades de ciencias sociales y ciencias básicas. La institución se convirtió en un colegio técnico, ofreciendo a los jóvenes diversas opciones de bachillerato.
En la actualidad la institución cuenta con un moderno local escolar. Durante la semana se desarrollaron charlas y seminarios educativos con motivo del aniversario del Colegio. Es directora actual la licenciada Mirna Fernández.