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Nissen fue removido de su cargo el 7 de abril de 2002, cuando el Jurado de Enjuiciamiento de Magistrados (JEM) estaba presidido por el entonces diputado Óscar González Daher (ANR-HC), fallecido en 2021. Nissen investigaba al político y al entonces presidente de la República Luis González Macchi (ANR).
La Corte Suprema de Justicia rechazó en junio de 2004 una acción de inconstitucionalidad y dejó firme el fallo. Nissen recurrió entonces a la CIDH, que recomendó al Estado paraguayo una solución amistosa. Sin embargo, Nissen comunicó que se retiró de la mesa negociadora con el argumento de que el Estado antes que responder al compromiso asumido con la CIDH, pone obstáculos al acuerdo amistoso, en cuanto a la conformación de una mesa negociadora y sobre todo a lo referente a la liquidación de lo requerido. Nissen exige un total de G. 3.500 millones en concepto de indemnización y pago de salarios caídos, reposición en el cargo y eliminación de los antecedentes (de la destitución).
Por otra parte, en diciembre del 2021, la CIDH admitió y dio trámite a una demanda interpuesta por Fernando Lugo, expresidente de la República y actual senador del Frente Guasu, por su destitución vía juicio político en 2012, tras una crisis política desatada por la masacre de Curuguaty.
Con esto se inicia el proceso, abriendo los plazos para que el Estado y el demandante presenten más alegatos. La defensa de Lugo alega la supuesta “indefensión” de Lugo durante su juicio político del Congreso el 22 de junio del 2012.