Más de 740 vuelos fueron anulados y más de 40.000 hogares quedaron sin corriente eléctrica.
Un manto de nieve de 22 centímetros cubría Tokio en la tarde del sábado, superando los 20 centímetros por primera vez desde 1994, indicó la agencia meteorológica.
La agencia emitió por primera vez en los últimos 13 años un boletín de alerta por las fuertes nevadas e instó a la población a quedarse en casa y a salir sólo en caso de necesidad imperiosa.
Dos mujeres, de 88 y 90 años, murieron en un accidente de automóvil en Ishikawa (centro) , según la cadena pública NHK, la cual añadió que se registraron unos 3.200 accidentes en el país, al derrapar vehículos en calles y carreteras cubiertas de hielo.
Además, un hombre murió en Nagano al destrozar su automóvil un tren. Según NHK, por lo menos 494 personas resultaron heridas en accidentes relacionados con las fuertes nevadas.
La agencia meteorológica prevé que siga nevando en la noche del sábado y las primeras horas del domingo.