Fue fundada en 1539 en Roma (Italia) por Ignacio de Loyola, un exsoldado de familia noble vasca de Azpeitia (Guipuzcoa), que encontró la fe tras ser herido durante la una batalla en Pamplona en 1521, y aprobada por la Santa Sede en 1540, a raíz de la bula del Papa Paulo III “Regimini Militantes Ecclesiae”.
Tiempo después mirando hacia su juventud, Ignacio dijo de sí mismo: “Fui un hombre dedicado a la vanidad del mundo, para quien el mayor placer eran las artes marciales, con el vano deseo de adquirir celebridad”.
Los jesuitas tiene una estructura de tipo casi militar (obediencia absoluta), una misión clara (a mayor gloria de Dios), una total despreocupación por los éxitos mundanos (deseos vanos).
Con el lema latino “Ad maiorem Dei gloriam” (A la mayor gloria de Dios), la orden jesuita se propone difundir la fe católica a través de las misiones, el apostolado, la enseñanza y la ciencia.
Según sus normas, trabajan por la evangelización del mundo, en defensa de la fe y la promoción de la justicia, en permanente diálogo cultural e interreligioso y el motor de la compañía es profundizar en los estudios humanísticos y científicos para entregarlos en las escuelas y colegios que se fueron abriendo en Europa.
Desde sus inicios, los jesuitas dirigieron los centros de educación superior más importantes de Europa, entre ello el prestigioso Colegio Romano, y prestaron servicios en países donde la religión católica era perseguida o prohibida
Especialmente importante fue la labor emprendida por el también vasco San Francisco Javier en su tarea misionera de conversión en la India, Japón, hacia donde partió en 1549 cuando aún no había llegado ningún europeo, y China.
La Compañía de Jesús tuvo un papel decisivo durante la Contrarreforma, la reacción de la Iglesia a la reforma del protestante Lutero, y relevante fue su papel en el transcurso del Concilio de Trento, entre 1545 y 1563, en el que destacó la participación de los teólogos jesuitas Salmerón y Laínez.
A la muerte del fundador, en 1556, la Compañía se había extendido por todo el mundo al servicio de la Iglesia y del Romano Pontífice.
Los jesuitas además de los tres votos de los religiosos -pobreza, castidad y obediencia- profesan un cuarto, el de obediencia al Papa, al que se unen así de una forma especial.
A lo largo de los más de 400 años de historia, la Compañía de Jesús ha sufrido diversos avatares, por las sospechas que despertaban algunas de sus actividades, como por ejemplo, las misiones en las Reducciones del Paraguay, una especie de comunidades agrícolas que los jesuitas desarrollaron con los indios guaraníes en los siglos XVII y XVIII.
Los jesuitas tuvieron problemas con la Inquisición: fueron expulsados de Portugal (1559), de Francia (1764) y de todos los dominios del Rey de España Carlos III en 1767.
En 1773, la Compañía de Jesús fue suprimida por un edicto promulgado por el Papa Clemente XIV y restituida en todo el mundo en 1814 por el Papa Pío VII.
Una vez restaurada, la Orden continuó su expansión, también en España, de donde en el siglo XIX fue suprimida en cinco ocasiones y disuelta en el XX, cuando en 1932 el gobierno de la Segunda República declaró inconstitucional el voto especial de obediencia al Papa. En 1938, los jesuitas recobraron en España la situación jurídica anterior a la Constitución de 1931.
Presente en 127 países, la Compañía de Jesús está dividida en 91 provincias, agrupadas a su vez en diez “Asistencias”, de las cuales, la más numerosa es la de Asia Meridional con 4.081 jesuitas, el 20,9 % del total, según datos de la Compañía de 2007.
En cuanto a las provincias, las más numerosas son las de Italia y la de Castilla (España), y por países, Estados Unidos y La India son los que cuentan con mayor número de jesuitas.
En total, la Compañía de Jesús la integran 19.126 jesuitas, según el último censo de 2007, por lo que es la orden religiosa masculina de la Iglesia Católica con el mayor numero de miembros. En España hay un total de 1.534 jesuitas.
De los treinta prepósitos que han dirigido la orden desde su fundación, siete han sido españoles, entre ellos el fundador Ignacio de Loyola (1541-1556), así como Pedro Arrupe, quien durante su mandato (1965-1983) mantuvo unas difíciles y turbulentas relaciones con el Vaticano.