Los manifestantes, algunos de ellos encapuchados, se enfrentaron a la policía a pedradas e incendiaron contenedores de basura en el centro de la capital financiera y banquera alemana.
Al menos un policía resultó herido, según las primeras informaciones policiales, así como una manifestante.
El grupo anticapitalista Blockupy había convocado para hoy una jornada de protesta, coincidiendo con la inauguración de la sede del BCE.
Las autoridades de Fráncfort habían organizado un fuerte dispositivo policial para proteger las inmediaciones del edificio, así como otros puntos potencialmente vulnerables en la ciudad.
El presidente del BCE, Mario Draghi, inaugurará oficialmente la nueva sede, sobre las 10.00 horas GMT, en un acto al que asistirán los gobernadores de los bancos centrales nacionales de la zona del euro.
Las entradas a la nueva sede del BCE, en la que desde finales del año pasado ya trabajan los empleados de la entidad monetaria, estarán bloqueadas mañana.