La Comisión Nacional de Seguridad (CNS) informó en la red social Twitter que Flores fue detenido a las 07:00 hora local (09:00 hora paraguaya) en Iguala, en el sureño estado de Guerrero, en cumplimiento de una orden de aprehensión emitida hace dos años.
Una fuente de la Secretaría de Gobernación dijo a Efe que la captura se llevó a cabo “sin un solo disparo” en un operativo realizado por la Policía Federal, en coordinación con la fiscalía general, la Marina, la Secretaría de la Defensa y el Centro de Investigación y Seguridad Nacional (Cisen).
Aunque calificó de “inesperado” el hecho de que la detención se concretara en Iguala, donde la noche del 26 de septiembre de 2014 los alumnos de la escuela para maestros de Ayotzinapa fueron atacados a tiros por policías, destacó que la “labor de inteligencia permitió conocer los detalles” de su paradero.
La detención de Flores supondrá “un avance importantísimo en la investigación” del caso Iguala, aseguró la fuente, que añadió que el gabinete de seguridad ofrecerá una rueda de prensa en las próximas horas para dar más información sobre el operativo.
Flores es considerado uno de los autores intelectuales de lo ocurrido a los jóvenes la trágica noche de su desaparición, junto con el entonces alcalde, José Luis Abarca; y su esposa, María de los Ángeles Pineda, ambos en prisión desde noviembre de 2014. En octubre de 2014, el entonces fiscal general, Jesús Murillo, acusó tanto a Abarca como a Flores de inducir la represión de los estudiantes, que dejó seis muertos, 25 heridos y 43 desaparecidos.
Según la versión oficial, los jóvenes fueron detenidos por policías y entregados esa misma noche a miembros del cártel de Guerreros Unidos, quienes los asesinaron, incineraron en un vertedero y arrojaron sus restos a un río.
Dicha versión, calificada por Murillo como la “verdad histórica”, ha sido cuestionada por los familiares, los expertos de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) que estudiaron durante un año el caso y el Equipo Argentino de Antropología Forense.
Al cumplirse dos años de la tragedia, el presidente mexicano, Enrique Peña Nieto, expresó su compromiso para ampliar las investigaciones con el fin de “saber qué ocurrió” en Iguala y dar con todos los responsables de ello. Por este caso hay 130 personas sujetas a proceso, casi todos detenidos, entre autoridades y policías municipales, así como jefes y operadores del crimen organizado.