La embarcación se hundió unos 15 minutos después de salir del puerto de Gilimanuk, en la turística isla de Bali, mientras se dirigía al este de la isla de Java, un trayecto de unos 4 kilómetros utilizado a diario por centenares de personas y vehículos.
Al menos 48 personas pudieron ser rescatadas por los equipos de salvamento, que siguen la búsqueda de al menos dos desaparecidos, según indicó un portavoz de la policía de Gilimanuk al portal Detik.
El agente no precisó el número exacto de pasajeros que había a bordo del transbordador ni tampoco apuntó a posibles causas del accidente.
Con más de 17.000 islas, el barco es el principal medio de transporte del archipiélago indonesio.
Cientos de personas fallecen cada año en Indonesia en naufragios causados por temporales, infraestructuras precarias y el incumplimiento de las medidas de seguridad, como la sobrecarga de pasajeros y mercancías.