El terremoto se produjo a las 21.58, hora local (18.58 GMT), su epicentro se situó a 7 kilómetros al sur de la localidad de Mires, según el Instituto Geodinámico de Atenas.
Los colegios permanecerán cerrados en la zona este viernes para que se puedan inspeccionar si hay daños en los edificios.
Hasta las 04.00 de la madrugada, hora local, se registraron 35 réplicas de entre 2 y 2,5 grados.
El director del Instituto Geodinámico de Atenas, Akis Tselentis, señaló en su cuenta de Facebook que lo más probable es que el primer seísmo de 5,1 grados haya sido el principal.
La isla de Creta, la más grande de Grecia, se encuentra en un área sísmica, que algunas veces produce seísmos mayores de magnitud 6.