En la embarcación viajaban 11 personas, entre ellas un grupo de observación de aves, cuando a alrededor de las 10.00 hora local (22.00 GMT del viernes) volcó en "aguas tranquilas" cerca de la bahía de Goose, a unos 15 kilómetros al sur de la población de Kaikoura, informó la Policía.
Los equipos de rescate encontraron a seis personas con vida, que son tratadas de heridas menores, y cinco fallecidos.
El alcalde de Kaikoura, Craig Mackle, señaló que las primeras "indicaciones" señalan que el barco golpeó una ballena y por eso volcó, aunque la Policía ha evitado pronunciarse al respecto mientras investiga el incidente.
"La información que tenemos en este momento es que parece ser una colisión. ¿Con qué?, no lo sabemos en este momento", dijo el sargento de policía de Kaikoura, Matt Boyce, en rueda de prensa, al calificar el incidente como "sin precedente".
El oficial admitió que durante este periodo del año las ballenas jorobadas suelen nadar por la costa de Kaikoura, donde también se encuentran grupos de cachalotes.