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A través del activismo, la política o medios más violentos, numerosas organizaciones se enfrentaron abiertamente al Gobierno de Stroessner, durante los 35 años que el dictador estuvo en el poder en Paraguay.
Organizaciones políticas izquierdistas como el Partido Revolucionario Febrerista (PRF) o el Partido Comunista del Paraguay (PCP) sufrieron constantes acosos del gobierno de extrema derecha de Stroessner, debiendo en varias ocasiones reunirse de forma clandestina; varios de sus líderes y dirigentes sufrieron arrestos, acosos, torturas y exilio.
Además, tomando como ejemplo la revolución cubana, organizaciones como la Federación de Estudiantes Democráticos Revolucionarios (Fedre) comenzaron a agrupar a estudiantes para ir formando a los futuros líderes políticos en oposición a la dictadura.
Desde la clandestinidad, la Organización Primero de Marzo (OPM) intentó oponer una resistencia armada al régimen, emulando a la organización guerrillera argentina de los Montoneros. La OPM fue expandiéndose en las zonas rurales del sur, desempeñándose en secreto hasta que las autoridades capturaron a uno de sus miembros con documentos de la organización, lo que llevó a la captura de cientos de sus miembros y asociados, y la muerte de varios de sus dirigentes.
También participaron en la lucha armada contra Stroessner el Movimiento 14 de Mayo y el Frente Unido de Liberación Nacional (Fulna), aunque también se vieron derrotados por las fuerzas del régimen, con sus miembros siendo encarcelados, torturados y ejecutados de manera periódica y con extrema crueldad.
Incluso dentro del propio Partido Colorado, el partido de Stroessner, hubo oposición en la forma del Movimiento Popular Colorado (Mopoco), una organización de jóvenes que exigió medidas como levantar el Estado de Sitio que Stroessner había implementado para adjudicarse más poderes. Fueron prontamente expulsados del partido y sus dirigentes obligados a exiliarse a Argentina, desde donde formarían junto al PRF, el Partido Demócrata Cristiano y el Partido Liberal Radical Auténtico (PLRA) el Acuerdo Nacional para oponerse al dictador.