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En su década final, el régimen de Alfredo Stroessner se vio desgastado por divisiones internas dentro del Partido Colorado, exacerbadas por la creciente influencia del “cuatrinomio de oro” de integrantes del gabinete civil leales al dictador; y presión internacional por los abusos contra los derechos humanos, presión a la que en 1988 se sumaron las lapidarias críticas del papa Juan Pablo II en su histórica visita a Paraguay.
El 2 de febrero de 1989, militares sublevados se lanzaron a un golpe de Estado, liderado por el consuegro de Stroessner, el general Andrés Rodríguez que, a costo de muchas vidas, acabaría removiendo a Stroessner del poder.
Los primeros enfrentamientos de la noche tuvieron lugar en la casa de una amante del dictador, donde los golpistas esperaban capturar a Stroessner, quien sin embargo fue advertido por teléfono de lo que ocurría y logró escapar.
Mientras un importante contingente de soldados sublevados al mando del coronel Lino Oviedo asediaban el Regimiento Escolta Presidencial, donde Stroessner se había refugiado, otros elementos tomaban objetivos clave en Asunción como el Palacio de López, la Comandancia de la Policía Nacional. El comandante de la Fuerza Aérea se rindió poco después.
Stroessner capituló y fue trasladado por el coronel Oviedo hasta la Caballería, donde firmó su renuncia a la Presidencia. El general Rodríguez asumió como presidente provisorio y el cinco de febrero Stroessner fue exiliado a Brasil, país que le concedió asilo político y donde viviría hasta su muerte en 2006.