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La nueva institución con rango universitario funcionó en el local del Centro Regional de Ciudad Presidente Stroessner y fue designada la Dra. Guillermina Núñez de Báez, como su primera directora.
Los gastos de la obra que demandaron su primer año de funcionamiento fueron solventados por la Municipalidad de Ciudad Presidente Stroessner y la Delegación de Gobierno del Alto Paraná.
El primer curso de la carrera Ciencias de la Educación se inició en junio de 1985. Mientras que en 1989 fue creada la carrera de Psicología, y en 1990 la carrera de Ciencias de la Comunicación.
En el año 1989 egresaron los primeros 29 profesionales de la carrera de Ciencias de la Educación.
La Facultad hoy día cuenta con carreras terminales, ellas son las licenciaturas en Ciencias de la Educación, Psicología, Ciencias de la Comunicación, Matemática, Letras, Filosofía e Historia.
En cuanto a la misión de la FAFI es la búsqueda del liderazgo en el Alto Paraná, dedicada a la enseñanza en el nivel de educación superior, con capacidad de respuestas a las demandas de la sociedad para la formación integral de profesionales en carreras humanistas de grado y cursos de posgrados, fomentando la investigación y la extensión universitaria.
En tanto la misión desea ser una institución que asuma los desafíos del entorno, con responsabilidad social, generando propuestas pedagógicas innovadoras de calidad en los servicios que ofrece, apoyada en talentos humanos competentes, comprometidos y capaces de trabajar en equipo para mantener la excelencia académica en carreras de grado, y cursos de posgrados.
Los valores éticos en que se basa el accionar de la comunidad educativa son la identidad cultural, solidaridad, principios democráticos, honestidad, justicia, lealtad y el respeto por el medioambiente.