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Convivió con estos nativos por varios años e incluso formó pareja con la hija de uno de los caciques, de acuerdo con los registros históricos de la comunidad. En 1896 estuvo por la Argentina y se radicó en Entre Ríos. Por recomendación de su padre, se hospedó en casa de unos amigos practicando durante unos 5 años la agricultura y ganadería, para luego tras- ladarse a caballo hasta Hohenau, donde posteriormente compró en Trinidad un campo. En 1904 recibió una herencia paterna y con ese dinero compró tierras en la costa paraguaya del Alto Paraná, en la desembocadura del arroyo Yaguarazapá, actual distrito de Capitán Meza, donde comenzó sus investigaciones sobre la cultura y origen de los Ache Guayaki. En 1907 comenzó a colonizar dichas tierras vendiéndolas a los inmigrantes alemanes, alemanes-brasileños y algunos paraguayos. Prosiguiendo sus investigaciones sobre los aborígenes llegó a contactar con ellos y aprendió su lengua y costumbres, mas al desencadenarse la 1ª Guerra Mundial volvió a Alemania y se presentó como voluntario. Allí cayó herido, dejó la contienda y viajó a Suiza, donde perfeccionó sus conocimientos antropológicos. Al volver al Paraguay en 1920 perdió sus derechos sobre las tierras legítimamente adquiridas, probablemente por una estafa maquinada por sus propios apoderados, en connivencia con la persona que le había hecho un préstamo. Pero Mayntzhusen no se doblegó ante este injusto revés y volvió a comprar un lote de sus tierras. Siguió con sus investigaciones y dirigió conferencias en diversas universidades europeas y también de Estados Unidos en las cuales daba a conocer sus descubrimientos y teorías. Falleció el 8 de abril de 1949 rodeado de los indígenas, quienes afectuosamente lo llamaban “Yamogi” (abuelo). Su cuerpo junto al de su compañera indígena están sepultados en el centro de Capitán Meza, en una cripta especial.