Además, por la gran influencia del hombre, los ríos son los ecosistemas más afectados por la acción contaminante y depredadora de este. Los ríos se encuentran entre los ecosistemas naturales más intensamente utilizados por el ser humano, aunque su área superficial es pequeña comparada con relación al de océanos y masas de tierra.

Las características de los ríos cambian desde la cabecera o fuente a la desembocadura. La comunidad biótica depende en gran medida de materia orgánica arrastrada desde terrenos circundantes (o algunas veces desde lagos adyacentes). En sus secciones intermedias los ríos se hacen más anchos y menos sombreados, y a menudo se tornan autótrofos a medida que algas y plantas se hacen más abundantes. La diversidad de especies suele alcanzar un máximo en las secciones intermedias de los ríos. Cerca de la desembocadura de los ríos grandes (regiones hipopotámicas) se reducen la penetración de la luz y la fotosíntesis acuática. El ambiente se hace entonces heterótrofo, y la variedad de especies se reduce en la mayoría de los niveles tróficos.

La temperatura cambia estacionalmente y con la profundidad. La disponibilidad de oxígeno es diferente también en superficie y en capas profundas. Todas estas variaciones determinan la distribución y adaptaciones de los seres vivos en los ríos.

Actividades humanas en los ríos

Agricultura: lo que causa mayor impacto es la extracción de la vegetación original. Con la agricultura moderna, el ganado criado de forma intensiva, produce grandes cantidades de estiércol que penetran en el río o aguas profundas. El uso de pesticidas y fertilizantes permite el consumo anual de cereales. Como se usa mucha agua (riego para el crecimiento intensivo) el suelo se queda más pobre (lixiviación) y más erosionado. Hay pérdidas especialmente de fósforo por las aguas de drenaje, así que su concentración aumentará en el río.

Establecimiento de poblaciones humanas: la expansión de pueblo, ciudades, etc., produce aguas residuales (mezcla de restos de agua de baños, cocina, heces, orina, etc.); esta agua tiene mucha materia orgánica, lo que causa la desoxigenación del agua del río.

Industria: la variabilidad de sustancias liberadas al agua dulce es enorme. La mayor preocupación son los metales pesados y los hidrocarburos clorados, los pesticidas organoclorados (entre otros), los PCB y la polución atmosférica industrial.

Pesca comercial: la depredación pesquera sin control pone al borde de la extinción a muchas especies acuáticas.

Turismo: el turismo en zonas con agua adquiere inmenso valor, aunque también provocan cambios importantes en los ecosistemas locales. Las actividades más frecuentes en estas zonas son: pasear/excursionismo, juegos al aire libre, natación, ciclismo, pesca deportiva, caza deportiva, navegación.

El número excesivo de presas y diques en los cursos fluviales supone una amenaza para algunos de los mayores ríos del mundo y los ecosistemas de sus cuencas, según advirtió el Fondo Mundial para la Naturaleza (WWF).

Más del 60% de los 227 mayores ríos del planeta se han visto fragmentados por la construcción de presas, según el informe, que asegura que la responsabilidad corresponde en buena parte a los Gobiernos, que hacen caso omiso a las recomendaciones de la Comisión Mundial sobre Presas. Destaca como ejemplo el caso de China, el país del mundo con el mayor número de presas en construcción o en planificación. Entre las 21 cuencas más importantes que encabezan la lista se incluyen las del Río de la Plata y del Amazonas, en América del Sur; así como la del río Yangtzé, en China, con 46 grandes presas planificadas o en construcción, incluida la represa de las Tres Gargantas, que será la más grande del mundo.