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Casi un siglo y medio después, el 8 de abril de 1843 el Gobierno Consular (Carlos Antonio López) de la creciente República del Paraguay la denomina como Villa Encarnación.
Una particularidad que se dio en el desarrollo urbano de la Villa Encarnación es que existieron dos “Villas”; la “Villa Alta” ubicada en la zona más elevada sobre la que se fundó el pueblo y la Villa Baja situada en las inmediaciones del puerto sobre el río y estaba muy ligada al comercio. La primera era la zona “rural” mientras que la segunda tuvo un desarrollo urbano más importante que se consolidó con el florecimiento del comercio y la industria (aserraderos) de la zona.
Entre los años 2000 y 2010 la ciudad experimentó nuevamente una gran mudanza, esta vez de toda su antigua Zona Baja o Villa Baja que desapareció bajo las aguas del embalse de la represa de la Entidad Binacional Yacyretá (EBY) y varios metros de tierra. Sus habitantes se dispersaron en diferentes barrios urbanos y suburbanos creados para el efecto.