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En la actualidad funcionan unas nueve instituciones de formación en esta ciudad a cargo de profesionales técnicos y exfutbolistas de la liga.
Algunas de las escuelas de fútbol que trabajan en la categoría inferior son 13 de Noviembre, Monte Alto, Mcal. Estigarribia de la Calle 4.000 y Unión Agrícola, Talento Santaní, San Martín de la Calle 6.000 Defensores, Academia de Fútbol Santaní, Acosta Ñu y Cooperativa Universitaria.
La entidad más antigua es la escuela de fútbol Acosta Ñu, que funciona hace 15 años en instalaciones propias en la compañía Republicano, a cargo de Luis Ovelar. En tanto, la Academia Santaní, dirigida por el profesor Gilberto Ortega, fue habilitada hace 9 años.