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Caacupé FBC debutó en la segunda categoría en orden de importancia de nuestro balompié en el 2013, y la campaña de este año es la mejor, con 42 puntos acumulados, que le permitió terminar en la sexta posición junto al Sportivo Iteño. En el 2014 sumó 41 puntos, y en el campeonato del 2015 con 38 unidades. En la tabla de promedio arrancará en la próxima temporada con 1,383 (83 puntos en 60 partidos).
En el torneo 2016 la campaña se resume en 11 triunfos, 9 empates y 10 derrotas; 44 goles marcados y 42 recibidos. Ganó una protesta a Sport Colombia, de un juego que finalizó empatado 2-2.
El equipo cordillerano es uno de los varios clubes que provienen de la UFI (Unión del Fútbol del Interior) que estará en el campeonato de la Intermedia del año próximo. Además de Caacupé FBC estarán en la temporada del 2017, Deportivo Caaguazú, Deportivo Santaní, Deportivo Liberación, Ovetense FC (este logró su permanencia tras un partido extra en su primer año de competencia). La nómina de los clubes de tierra adentro en la categoría semiprofesional de la APF sigue con Sportivo Iteño, Olimpia de Itá, 3 de Febrero de Ciudad del Este, Fulgencio Yegros de Ñemby. Y debutarán el año próximo Guaireña, 22 de Setiembre de Encarnación y Martín Lesdema de Capiatá. Este año descendieron Sport Colombia, San Lorenzo y Cristóbal Colón, y lograron ascender a la categoría primera Independiente CG (campeón) y Sportivo Trinidense (subcampeón).