Como tal la ejerció hasta 1943, año en que -sin permitir la participación de otras fuerzas políticas- se hizo elegir para el periodo constitucional 1943-1948.

Durante sus casi ocho años de gobierno, el más largo hasta entonces en el siglo XX, su gabinete de ministros estuvo integrado de la siguiente manera: Justo Pastor Benítez, Francisco Esculies, Rogelio Espinoza, Juan Plate, Agustín Avila y Natalicio González, en el Ministerio de Hacienda; Eduardo Torreani Viera, Dámaso Sosa Valdez, Vicente Machuca, Carlos R. Andrada, Luis Santiviago, Amancio Pampliega, Juan Rovira, Alfonso Dos Santos y Víctor Morínigo, en la cartera de Interior y Justicia (luego Interior, Justicia y Trabajo); Justo Pastor Benítez, Tomás Salomón, Luis A. Argaña, Horacio Chiriani, Antonio Taboada, Miguel Angel Soler, Federico Chaves y César Vasconsellos, en Relaciones Exteriores y Culto; Salvador Villagra Maffiodo, Aníbal Delmás, Sigfrido Gross Brown, J. Darío Quiroz, Víctor Boettner y Mario Ferrario, en Educación; Guillermo Tell Bertoni, Francisco Esculies, Juan Plate, Alfonso Dos Santos, Juan Félix Morales, Víctor A. Pane, Arnaldo Valdovinos, Guillermo Enciso Velloso, Bernardo Ocampos y Leandro Prieto, en Agricultura, Industria y Comercio (luego de Economía); Pablo Max Insfrán, Ramón E. Martino, Federico Chaves y Mutshuito Villasboa; en Obras Públicas y Comunicaciones; Eduardo Torreani Viera, Paulino Antola, Gaudioso Núñez, Vicente Machuca, Amancio Pampliega, Ramón E. Martino y Mutshuito Villasboa, en Guerra y Marina (Defensa Nacional); Ricardo Odriosola, Gerardo Buongermini, José Soljancic y César Gagliardone, en Salud Pública (Salud Pública y Previsión Social); Alejandro Marín Iglesias y Ramón L. Paredes, en Gobierno y Trabajo (luego se fusionó con la cartera de Interior).

Durante su presencia en el Gobierno nacional, el presidente Morínigo visitó numerosos países americanos, asimismo se adquirió la residencia presidencial Mburuvicha Róga; se decretó la supresión de la palabra Nacional en las entidades privadas; fueron suspendidas las actividades partidarias; fue disuelto el Partido Liberal; se realizaron numerosas obras de progreso, como el asfaltado de numerosas calles asunceñas (la avenida República de Colombia pasó a denominarse Mariscal López y se adoptó el tráfico por la derecha en el transporte automotor); se crearon el Banco del Paraguay, el Instituto de Previsión Social, la aviación comercial, la Flota Mercante del Estado, la Escuela de Humanidades, la Corporación Paraguaya de Carnes, la Corporación Paraguaya de Alcoholes, el Centro de Instrucción Militar para Oficiales de Reserva, la Escuela Técnica Vocacional, la Escuela Normal de Profesores de Villa Rica y el Instituto Geográfico Militar. Se realizó la instalación de cloacas y desagües en el centro de Asunción, así como también la habilitación de varios mercados barriales en sustitución del viejo mercado del centro de la ciudad; se construyeron numerosos caminos y puentes; se establecieron colonias agrícolas, escuelas y hospitales en varios puntos del país.

También, durante su administración, fue adoptado el Guaraní como signo monetario, lo que significó la independencia monetaria nacional. En el orden internacional, ya a finales de la Segunda Guerra Mundial, se rompieron las relaciones con el eje Berlín-Roma-Tokio y se declaró la guerra a dichos países. En 1946 se levantó la tregua política, viviéndose lo que se dio en llamar la primavera democrática, que duró seis meses y que derivó en una época anárquica, preámbulo de la sangrienta guerra civil que se desarrolló entre marzo y agosto de 1947, y en la que salió triunfante el Gobierno.

Ante señales de una probable perpetuación en el poder, pese a que ya había sido electo su sucesor, sus aliados colorados lo derrocaron el 3 de junio de 1948. Higinio Morínigo Martínez nació en Paraguarí el 11 de enero de 1897, hijo de Juan Alberto Morínigo y Pabla Martínez. Fueron sus hermanos Néstor (casado con Iluminada Viveros), Lorenzo (casado con Lidia Brítez), Norberta (casada con Baldomero Cardozo) y Andresa Morínigo (casada con Anastasio Torres).

Casado con doña Dolores Ferrari, Higinio Morínigo fue padre de Higinio Emilio (casado con Esperanza Gill Ayala), Juan Alberto y Guillermo Gerardo Morínigo Ferrari (casado con Graciela Philippeaux).

El expresidente Morínigo falleció en Asunción, el 27 de enero de 1983, a los 86 años de edad.