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Sin embargo, la incorrecta aplicación de los mismos fueron observados en reiterados informes de la Contraloría General de la República. Citaba sobrefacturaciones, pago por obras no ejecutadas, falta de aprobación por parte del MEC de las obras de infraestructura en locales educativos; transferencia de recursos a entidades privadas, irregularidades en contratación o ejecución de obras y en la provisión del almuerzo escolar, pago de salarios con recursos del Fonacide, baja ejecución presupuestaria de recursos y la utilización de los mismos para gastos no previstos en la ley, como el arreglo de viviendas particulares, construcción de tajamares, etc.
Ante esos hechos reiterativos, las direcciones de Economía y la de Control de Administración Central de la Contraloría, a cargo de Gladys Fernández y Cirilo Durañona Macchi, respectivamente, ya en septiembre del 2013, habían concluido en su informe sobre la necesidad de que las autoridades competentes: poderes Ejecutivo y Legislativo, implementen un nuevo, más funcional y eficiente, marco jurídico regulador para los procedimientos de recepción y distribución de los fondos a los beneficiarios finales, su posterior control, la evaluación de los riesgos y su impacto a nivel nacional.
En setiembre del 2014 el organismo superior de control instaba a las instituciones involucradas en la ejecución del Fonacide, a adoptar todos los mecanismos administrativos legalmente establecidos para que esos recursos tengan el resultado que la ciudadanía espera impaciente en beneficio de la educación del país.
En el cuadro de arriba se detallan los montos recibidos por municipalidades y gobernaciones desde la creación del Fonacide.