La candidatura de Filizzola tuvo una resonancia política determinante ya que por primera vez en la historia independiente del Paraguay los intendentes fueron electos por voto directo de la ciudadanía.
El galeno fue el primer jefe municipal no colorado en llegar al cargo mediante el movimiento independiente “Asunción Para Todos”. Con el apoyo de numerosas organizaciones ciudadanas y de la Central Unitaria de Trabajadores (CUT), el aspirante derrotó al candidato de la ANR, Juan Manuel Morales, y al postulante del PLRA, Félix “Pon” Bogado Gondra.
Los comicios se llevaron a cabo en el 26 de mayo de 1991. Al anochecer, tras darse a conocer la victoria electoral, la ciudadanía asuncena salió a las calles a festejar su decisión electoral, con largas caravanas vehiculares y banderas blancas del Partido Encuentro Nacional (PEN), principal agrupación de la alianza.
Los resultados de las elecciones fueron celebradas ya que durante la dictadura de 35 años los intendentes era seleccionados discrecionalmente por el dictador Gral. Alfredo Stroessner, siendo el más destacado, durante 13 años, el Gral. Porfirio Pereira Ruiz Díaz.
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Filizzola, ahora devenido en un cuestionado senador que acompañó el pedido de reelección vía enmienda, para beneficiar al presidente Horacio Cartes y al expresidente Fernando Lugo, administró la capital de 1991 a 1996.
Según opiniones generalizadas, logró algo que casi no se repetiría con sus sucesores: concluir su mandato con una imagen favorable. Durante su administración se tenían unos 500 funcionarios. Hoy la cifra supera los 7.000.
La alianza encabezada por Filizzola sentó las bases para que en 1996 se diese un acuerdo político entre el PLRA, “Asunción Para Todos” y otros sectores progresistas, para respaldar la candidatura del liberal Martin Burt.
Este último se impuso en las elecciones al candidato colorado Ángel Ramón Barchini. Burt (1996-2001) tuvo una administración muy cuestionada por la falta de solución a numerosos problemas de la ciudad y terminó con una imagen negativa. Debido a esto los colorados gobernaron la capital, a partir de entonces, durante 15 años.