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Durante el episcopado de Mons. Felipe Santiago Benítez en la Arquidiócesis, fue incardinado en esta jurisdicción. Trabajó en la parroquia Sagrados Corazones de Jesús y María, entre 1994 y 1997, y fue asesor de la Pastoral de la Juventud, así como secretario del Primer Sínodo Arquidiocesano y consultor de Radio Cáritas.
El 15 de agosto de 1997 fue nombrado obispo auxiliar de la Santísima Asunción. Recibió la ordenación episcopal el 8 de noviembre de ese año en la Catedral Metropolitana de Asunción.
Tras crearse la diócesis de San Lorenzo el 18 de mayo de 2000, Martínez Flores tomó posesión de la nueva diócesis el 9 de julio de 2000, al día siguiente de cumplir 49 años, con la presencia de obispos del Paraguay y de otras latitudes. Como primer obispo, se constituyó en el organizador de la novel diócesis, tanto en lo administrativo como en lo pastoral. Ejerció este ministerio incansablemente durante casi siete años.
El 19 de febrero de 2007 fue nombrado obispo de la Diócesis de San Pedro Apóstol y tomó de posesión de la misma el 14 de abril de 2007.
Actualmente es el secretario general de la Conferencia Episcopal Paraguaya y responsable de la Coordinación Nacional de Comunicación. En la asamblea de marzo del 2012, Mons. Adalberto Martínez recibió la notificación oficial de su nombramiento como obispo de las Fuerzas Armadas y la Policía Nacional.
Su nueva jurisdicción
La creación del Obispado Castrense del Paraguay tiene como antecedente la promulgación de las “Normas adecuadas para el trabajo pastoral en los recintos militares”, denominada Instrucción Solemne Semper, fechada el 23 de abril de 1951.
Monseñor Juan Moleón Andreu tuvo quizá la más importante participación en la erección de la Vicaría Castrense del Paraguay. El 26 de noviembre de 1960 se firma el convenio de erección de la jurisdicción eclesiástica castrense del Paraguay. El documento se denominó Convenio entre la Santa Sede y la República del Paraguay sobre jurisdicción eclesiástica castrense de las Fuerzas Armadas de la Nación.
El documento, que lleva las firmas de Monseñor Carlo Martini (por la Santa Sede) y de Raúl Sapena Pastor (por el Gobierno paraguayo), establece cuanto sigue:
“La Santa Sede y el Gobierno del Paraguay, deseando proveer de manera conveniente y estable la mejor asistencia religiosa de las Fuerzas Armadas, según su tradición y sus anhelos, han decidido llegar a un convenio...”.
En los diversos artículos del citado documento se va delineando el perfil del Vicariato Castrense.
Dice en ese sentido que la Santa Sede erige en Paraguay un Vicariato Castrense para la asistencia espiritual de los miembros de las Fuerzas Armadas que se regirá por el decreto de erección eclesiástica y por la norma contenida en la instrucción “De Vicariis Castrensibus” del 23 de abril de 1951.
El vicario castrense será nombrado por la Santa Sede, de acuerdo con el presidente de la República. Esta asistencia espiritual es ejercida por el vicario castrense, un capellán mayor para cada una de las agrupaciones de las Fuerzas Armadas (Ejército, Marina, Aeronáutica e Instituciones Policiales) y por los capellanes asignados para dichas fuerzas.
La Curia Castrense tendrá como sede la ciudad de Asunción, capital de la República, y estará constituida por el provicario, los capellanes mayores y otros personales necesarios.
Todos los asuntos concernientes al Vicariato Castrense se tratarán directamente con el Ministerio de Defensa Nacional.
El servicio religioso de las agrupaciones estará a cargo de los capellanes mayores, bajo las órdenes del vicario castrense. El clero castrense se reclutará entre los sacerdotes seculares y religiosos con la debida autorización de sus respectivos ordinarios o superiores y la designación de los capellanes la hará el vicario castrense, previa aceptación del Ministerio de Defensa Nacional.
El 20 de diciembre de 1961, la Sagrada Congregación Consistorial decretó la erección del Vicariato Castrense respetando y reafirmando las disposiciones establecidas en el pacto bilateral. Dicho decreto de erección lleva la firma del cardenal Carlo Confalonieri y del arzobispo Francisco Carpino.
El 29 de octubre de 1988, el papa Juan Pablo II aprobó los Estatutos del Ordinariato u Obispado Castrense del Paraguay.
Desde su creación, han sido vicarios castrenses titulares los obispos Agustín Rodríguez, Juan Moleón Andreu y monseñor Ramón Javier Mayans.
En 1992, el Vicariato Castrense se elevó a la categoría de Obispado, siendo su primer prelado monseñor Pastor Cuquejo.
Límites y jurisdicción
El Obispado Castrense no tiene límites geográficos específicos, puesto que su jurisdicción es personal; o sea, la ejercita en todo el ámbito de la República, y aún fuera de las fronteras de la misma, allí donde se encuentre un miembro de las FF.AA. o de instituciones policiales de la nación.