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Al producirse el golpe de Estado que derrocó al régimen colonial español, fue llamado a integrar el Gobierno provisorio, juntamente con el gobernador depuesto Velasco y Juan Valeriano Zeballos, entre el 16 de mayo y 17 de junio de 1811. Posteriormente estuvo presente en todos los gobiernos formados en los años siguientes: Junta Superior Gubernativa (20 de junio de 1811-12 de octubre de 1813), Consulado (12 de octubre de 1813 - 3 de octubre de 1814), hasta asumir la Dictadura (temporal, entre 3 de octubre de 1814 y el 30 de mayo de 1816; y la perpetua, entre el 1 de junio de 1816 y el 20 de septiembre de 1840, fecha de su muerte.
Gran parte de su gobierno lo dedicó a consolidar la soberanía nacional, defendiendo los límites territoriales y conjurando las amenazas extranjeras contra el Paraguay. Durante su mandato se asiló en el Paraguay el caudillo oriental José Gervasio Artigas, quien vivió treinta años en nuestro país, hasta su muerte en 1850.
Otra personalidad que vivió en el país, retenida por su gobierno, fue el naturalista francés Amado Bonpland, cuya presencia inclusive ocasionó un grave entredicho con el libertador Bolívar, quien amenazó invadir el Paraguay para rescatarlo.
Los primeros años de su dictadura fueron de relativa tolerancia, hasta que, en 1820, se descubrió un complot para asesinarlo, en el que se vieron implicados Yegros, Cavallero, Maciel, Iturbe, Fernando de la Mora y numerosas figuras que protagonizaron la Independencia del país.
La conspiración tuvo como consecuencia la persecución, confiscación de bienes de muchas familias patricias y costó la vida a varios de los próceres de la Independencia. Su gobierno se caracterizó por su opresión de las clases dirigentes, a las cuales agobiaba con multas y confiscaciones; el fomento de la agricultura, la supresión y la ruina del comercio, la clausura de colegios y conventos y la supresión de las órdenes religiosas.
Propició una política prescindente con relación a los países vecinos, lo que llevó a un aislamiento total, no permitiendo la entrada ni salida del país, ni siquiera de correspondencia epistolar. Falleció en Asunción, el 20 de septiembre de 1840.