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La explosión se produjo hacia las 10:00 locales en la iglesia adyacente a la catedral copta de Saint Mark, sede del papa de la iglesia copta Tawadros II, según el ministerio de Sanidad.
Los coptos representan la gran mayoría de la comunidad cristiana de Egipto, en la que también hay católicos.
El ascenso de un islam más radical en el país ha agravado la situación de marginamiento de la minoría cristiana en el país, que ha sufrido diversos ataques en los últimos tiempos.
Por el momento, ningún grupo ha reivindicado el atentado. Las autoridades van a examinar el contenido de las cámaras de seguridad de la iglesia, explicaron responsables policiales.