Bogarín falleció en esta ciudad el 3 de setiembre de 1976, a causa de un infarto agudo, según el diagnóstico médico.
La ceremonia religiosa fue oficiada en la Catedral de San Juan Bautista. Durante su homilía, el obispo de Misiones y Ñeembucú, monseñor Medina, resaltó la figura de Bogarín, quien fue recordado incluso por el papa Francisco durante su reciente visita a nuestro país.
Añadió que Bogarín, pese a las persecuciones, calumnias y difamaciones en su contra, no descuidó la espiritualidad de sus feligreses ni el desarrollo humano y la formación cívica.
Medina recordó también a los grandes obispos que vivieron en esa dura época, como Ismael Rolón, Aníbal Maricevich, Felipe Santiago Benítez y Ángel Acha.
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En la oportunidad, la escritora Rogelia Zarza, en nombre del Centro Sanjuanino de Residentes en Asunción y de los seguidores de Bogarín, pidió recopilar los documentos y testimonios de milagros que conduzca a la canonización del recordado obispo.
Tras la misa, Mons. Medina y los sacerdotes de la diócesis rezaron el responso al pie de la tumba de monseñor Bogarín.