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Además, se detectó la aparición de un nuevo tipo de cianobacteria denominada “Cylindrospermopsis raciborskii”, frente a la cual no se disponen de mecanismos de mitigación de impacto. El 24 de setiembre de 2012, el Ministerio de Salud inhabilitó el lago para usos recreativos y prohibió el consumo de pescados del lugar.
En enero de 2012, la contaminación llegó a su punto culminante cuando el lago se tiñó de un color verde y comenzó a despedir un olor fétido, que afectó principalmente a los pobladores de las ciudades de Areguá y San Bernardino. A raíz de esa situación, el entonces presidente de la República, Federico Franco, declaró emergencia en el lago Ypacaraí, con el objetivo de “tomar acciones inmediatas” para lograr su recuperación. Luego de tres años, dos de los cuales ya bajo el mandato de Horacio Cartes (ANR), la condición del espejo de agua empeoró.