El objetivo del comisionado es llegar a la verdad, sancionar a los responsables que cometieron crímenes de lesa humanidad durante la dictadura de Alfredo Stroessner.

También, se busca la reivindicación moral, social y económica de las víctimas; consolidar la democracia, el Estado de derecho y fomentar la cultura de la paz, solidaridad y la concordia entre todos los paraguayos, a base del respeto a las ideas, la tolerancia y los derechos humanos.

Este comisionado ha organizado audiencias públicas con participación de las víctimas, quienes dieron sus testimonios directos a la ciudadanía del sistema represivo del régimen. El propósito es recordar siempre los horrores del pasado, de modo que el pueblo tenga una memoria histórica y así evitar la vuelta de la dictadura que ha causado tantos males a la nación paraguaya.