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La institución fue fundada por un grupo de entusiastas jóvenes y vecinos, colaboradores del barrio Ciudad Nueva, quienes vivían alrededor de la iglesia San Miguel Arcángel.
El club Guanella se fundó el 29 de diciembre de 1988, siendo su presidente Hugo Cappelo.
Se formó un plantel para representar al club, con participación en el certamen de la División C de la Federación Paraguaya de Fútbol de Salón (FPFS).
Se consiguió el título, con el equipo integrado por Dany Sanabria, Santiago Verdún, Julio López (capitán), Hirán Bogado, Carlos Brusquetti, Ricardo Irala, José Luis Silva, Germán León, Alberto Brusquetti, Alberto López (ya fallecido), Armando Vera, Fidel Toledo, Miguel Mencia, Julio Giménez y Antonio Melgarejo.
Condujo a la gloria al equipo Crescencio Barrios, quien contó con la colaboración de sus ayudantes Albino Martínez, Gregorio Aguilera y Tito Arrúa. Como secretario se encontraba Sergio Colmán.
Un grupo de fanáticos se reunió en la iglesia San Miguel Arcángel para celebrar aquel recordado título de campeón, así como el aniversario de la institución. En un momento de sano esparcimiento, se disputaron partidos de fútbol de salón, aprovechando además la ocasión para despedir al año.