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Fue campeón invicto del primer torneo oficial del fútbol paraguayo en 1906, con 18 puntos de 20 en disputa, con 32 goles a favor y solo 2 en contra. Certamen del cual también participaron, Olimpia, Libertad, Nacional, General Díaz y 14 de Mayo.
Guaraní también ganó en forma invicta el segundo campeonato oficial de 1907. En las décadas del 60 y 70, brillaron jugadores como Raimundo Aguilera, Arsenio Valdez, Genaro García y otros tantos ídolos.