El defensor Elvis Perlaza y el centrocampista Oscar Cortés marcaron los tantos que sellaron el triunfo de los dirigidos por Alberto Gamero y que hundieron al Carbonero en el fondo de la clasificación.
En el estadio Campeón del Siglo, el local sorprendió con un cambio de sistema y pasó del habitual 4-2-3-1 a un 4-3-1-2 en el que Abel Hernández comenzó como titular junto a Matías Arezo en el ataque.
Además, el joven Damián García ingresó por el centrocampista Sebastián Cristóforo, quien se perdió el partido por una lesión al igual que el central Leonardo Coelho.
Millonarios, por su parte, no pudo contar con Luis Carlos Ruiz y Fernando Uribe, aunque tuvo el regreso al once inicial del atacante Luciano Fabio Castro, una de las figuras del encuentro.
Volcando en muchos momentos el juego hacia los costados, el equipo visitante complicó a su rival en los primeros minutos.
Sobre los 18 minutos, una gran jugada por la derecha de Daniel Felipe Cataño finalizó con un disparo de Castro que se perdió por arriba del poste horizontal cuando el portero rival ya nada tenía para hacer.
Antes, Peñarol se acercó con un remate de Arezo que se fue cerca y luego con una espectacular tijera de Abel Hernández que se perdió por encima del horizontal.
Más allá de estas jugadas, el conjunto dirigido por Alfredo Arias tuvo muchas dificultades para acercarse a la portería defendida por Álvaro Montero, en gran parte por el buen trabajo de los centrales Andrés Llinás y Juan Pablo Vargas.
En el comienzo de la segunda parte, el local se lanzó desde el inicio al ataque, aunque el que se llevó el premio fue el conjunto colombiano.
Con David Macalister Silva como figura, Millonarios se fue arriba y a los 54 minutos encontró el primer gol gracias a un potente disparo dentro del área del lateral Perlaza, quien dejó sin opciones al portero del Aurinegro.
Tras ponerse 0-1 arriba el visitante se adueñó del campo y pocos minutos después volvió a marcar.
A los 65 y después de una buena jugada del atacante Castro, el joven Cortés convirtió un golazo con un disparo que ingresó contra el poste.
De esta forma los colombianos le pusieron broche de oro al encuentro copero y ahora volverán a centrar su atención en una liga local en la que marchan segundos, aunque con dos partidos menos que el líder.
Con su victoria en Montevideo, Millonarios lidera el grupo con seis puntos, al tiempo que el brasileño América Mineiro tiene tres, el argentino Defensa y Justicia también acumula tres y Peñarol cierra la tabla sin unidades.
En la próxima fecha Millonarios recibirá al América y el conjunto uruguayo visitará al Defensa y Justicia de Julio Vaccari.