Schmidt, de 55 años, entrenó al PSV Eindhoven durante las dos últimas temporadas y antes pasó por equipos como el Beijing Guoan, el Bayer Leverkusen y el Red Bull Salzburg.
"Orgulloso de ser el nuevo entrenador del Benfica y entusiasmado con el desafío en este gran club. Juntos, vamos a usar toda la energía y experiencia para que tengamos éxito", dijo el alemán en sus primeras declaraciones tras el anuncio, divulgadas por el club de Lisboa.
Las "águilas" ya habían anunciado a finales de abril que tenían un "principio de acuerdo" con Schmidt, que sustituye en el banquillo al portugués Nélson Veríssimo.
Veríssimo dirigió al Benfica desde la salida de Jorge Jesus el pasado diciembre y dejó al equipo tercero en Liga.