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Desde muy temprano, su habilidad con la pelota entre los pies comenzó a impresionar a propios y extraños. A los 14 años fichó por el Sportivo Iteño de su ciudad natal. Llegó a Cerro Porteño en 1967 y el entrenador Egidio Landolfi lo hizo debutar.
A los pocos juegos se convirtió en referente del equipo. En su segundo partido en Primera División ya chocó con Olimpia, se estrenó en los clásicos marcando un gol. El Nino fue el líder del inmortal conjunto denominado “El Ciclón 70 arrasa” y conquistó dos de los tres títulos que desembocaron en el tricampeonato de los años 1972, 73 y 74.
Con la camiseta cerrista, Arrúa disputó 147 partidos locales y convirtió 55 goles. En la Copa Libertadores jugó 29 cotejos y marcó 13 tantos. Además fue símbolo, capitán y goleador de la Selección Paraguaya de Fútbol. Debutó con 20 años en 1969.
Defendió la playera albirroja en 35 oportunidades y marcó 13 goles. El Zaragoza lo fichó en 1973, y junto a otros paraguayos conformó el recordado equipo de los “Zaraguayos”.
Retornó a Barrio Obrero en 1979, se fue a Guaraní al año siguiente. También pasó por el América de Cali y cerró su etapa como jugador en 1984, en el club de sus amores.