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El futuro de Rodrigo Bogarín estaría en Turquía, el Besiktas mostró interés y avanzó las negociaciones con Guaraní, con el cual existiría un principio de acuerdo para que el paraguayo viaje a Europa para jugar en la Superliga. El mediapunta debutó en 2014 en el Aborigen, disputó 103 partidos entre los torneos Apertura y Clausura y la Copa Libertadores de América y anotó 22 goles (1 por Libertadores en 2018).
En la temporada 2017/2018, el equipo de Estambul terminó cuarto en la Liga (clasificó a la próxima edición de la Europa League), quedó eliminado en las semifinales de la Copa local y disputó la Liga de Campeones hasta los octavos de final (quedó fuera ante el Bayern Múnich). Las Águilas Negras son el tercer club más ganador en Turquía, con 32 títulos entre Superliga, Copa y Supercopa del país, por detrás de Galatasaray con 53 y Fenerbahce con 34.