En esa misma clasificación el líder del mundial, el español Jorge Martín (Ducati Desmosedici GP24) cometió un error y sufrió una caída que le relegó a la undécima posición.
Acosta estableció un nuevo récord del circuito al rodar en 1:43.018, con lo que rebajaba el 1:43.198 que en 2023 había conseguido Jorge Martín, por delante del italiano Francesco 'Pecco' Bagnaia (Ducati Desmosedici GP24) y el español Maverick Viñales (Aprilia RS-GP).
Otra de las notas destacadas fue la cancelación de la vuelta rápida del español Marc Márquez (Ducati Desmosedici GP23), que rebajó el récord absoluto de la pista al rodar en 1:42.868, pero fue anulada al exceder los límites del circuito.
Bagnaia fue el más rápido en la segunda tanda de pruebas libres, que los pilotos de MotoGP ya pudieron disputar en condiciones prácticamente de seco, si bien el asfalto no estaba todo lo bien que se podría esperar, con un tiempo de 1:44.569 y apenas 17 milésimas de segundo de adelanto sobre 'Tiburón' Acosta, con Maverick Viñales, tercero.
El líder del mundial, Jorge Martín, se conformó con la séptima posición, justo por delante de Marc Márquez, que acabaron a alrededor de seis décimas de segundo del doble campeón del mundo de MotoGP italiano.
La primera clasificación comenzó con la amenaza de lluvia y con los comisarios de pista ondeando la bandera blanca con el aspa roja que avisaba de ello, por lo que los pilotos salieron muy rápido para intentar lograr cuanto antes un tiempo que les diera el pase a la segunda clasificación.
En esas condiciones el australiano Jack Miller (KTM RC 16) sacó a relucir sus habilidades y se colocó primero con 1:44.296, en tanto que por detrás de él se fueron intercambiando la segunda posición pilotos como los españoles Aleix Espargaró (Aprilia RS-GP) y Raúl Fernández (Aprilia RS-GP), con el francés Johann Zarco (Honda RC 213 V).
Otro francés, Fabio Quartararo (Yamaha YZR M 1), intentó mejorar su rendimiento y los nervios se apoderaron de él en su última entrada a talleres, en la que recriminó por algunos instantes el trabajo de sus mecánicos para poder regresar cuanto antes a pista.
Pero fue el italiano Franco Morbidelli, con la única Ducati Desmosedici GP24 que no logró el pase a la segunda clasificación directa, quien en su primera vuelta lanzada rodó en 1:43.746, con Quartararo tras su estela a 259 milésimas de segundo.
Morbidelli y Quartararo fueron quienes se hicieron con el pase a la segunda clasificación, quedando claro el porqué de los nervios del francés por salir a pista cuanto antes, sabedor de que podía lograr ese objetivo.
Marc Márquez fue la primera referencia en la segunda clasificación y con la lluvia haciendo de nuevo acto de presencia sobre el trazado de Motegi, al rodar en 1:45.744 y sacar a relucir su innata e increíble habilidad cuando las condiciones 'se tuercen'.
Y aún rebajó su tiempo en la segunda vuelta rápida que intentó (1:44.136), en tanto que 'Pecco' Bagnaia entraba en su taller quejándose del rendimiento de su neumático trasero, que cambiaron de inmediato los mecánicos de Ducati para que el doble campeón del mundo regresase cuanto antes a pista, en donde se produjeron numerosos cambios.
El registro de Márquez fue batido por Acosta, Enea Bastianini (Ducati Desmosedici GP24) y Marco Bezzecchi (Ducati Desmosedici GP23), mientras Marc Márquez se encontraba en su taller realizando el cambio de neumáticos.
En su regreso a pista 'Pecco' Bagnaia tiró con fuerza y en su primer intento si bien en los dos primeros parciales no rodó por debajo de la vuelta rápida, si lo hizo en el tercero, pero en el cuarto cedió 38 milésimas de segundo a Pedro Acosta para subir hasta la segunda plaza.
Marc Márquez había regresado a pista cuando Bagnaia logró una segunda vuelta rápida, que le situó de líder con 1:43.264, pero el español se convirtió en el primer piloto en bajar del minuto y 43 segundos al rodar en 1:42.868, mientras el líder del mundial, Jorge Martín, que era noveno -tercera línea de salida-, se caía en la curva nueve y se quedaba sin mejorar, lo que le hizo caer aún dos posiciones más.
Pero surgió la sorpresa poco después al ser cancelada la vuelta de Marc Márquez al considerar el Panel de Comisarios de Dirección de Carrera que había excedido los límites del circuito en la curva cuatro, lo que daba la 'pole position' a Pedro Acosta, por delante de Bagnaia y Viñales.
En la segunda línea acabaron Enea Bastianini, Brad Binder y Franco Morbidelli, con Fabio Di Giannantonio, Marco Bezzecchi y Marc Márquez en la tercera, y Alex Márquez, Jorge Martín y Fabio Quartararo en la cuarta.