Bastianini estableció un nuevo récord absoluto de la categoría al rodar en 1:29.630, con el que superaba ampliamente el anterior, establecido en 2023 por el también italiano Luca Marini en 1:29.978.
Con Bastianini como líder de la categoría, a 40 milésimas de segundo acabó el líder del mundial, el español Jorge Martín (Ducati Desmosedici GP24), por delante de los también italianos Franco Morbidelli y Francesco 'Pecco' Bagnaia, ambos sobre sendas Ducati Desmosedici GP24.
El portugués Miguel Oliveira fue el primer protagonista de la jornada, pues la fuerte caída que sufrió en los entrenamientos libres de la mañana le provocó una "fractura complicada de la muñeca derecha" que recomendó su traslado en helicóptero a un centro médico y será baja tanto en Indonesia como en Japón la semana que viene, según confirmó el médico del campeonato, el español Ángel Charte.
Posteriormente el director del equipo, el italiano Davide Brivio, confirmó la gravedad de la lesión y la necesidad más que probable de tener que ser intervenido quirúrgicamente.
Con muchos de los 'deberes' ya hechos desde la mañana, todos los pilotos salieron a pista con un ritmo muy rápido a las primeras de cambio y de manera paulatina e ininterrumpida fue rebajándose la vuelta rápida de la sesión hasta que el español Pedro Acosta (Gas Gas RC 16) se puso líder con 1:31.700, pero acto seguido se fue por los suelos, sin consecuencias para su integridad física, en la curva uno del trazado indonesio.
Mientras Acosta recuperaba su moto, el italiano Franco Morbidelli (Ducati Desmosedici GP24), el más rápido por la mañana, bajaba el mejor tiempo hasta el 1:30.935 y, en otro punto del circuito, en la curva diez, el español Marc Márquez (Ducati Desmosedici GP23) protagonizaba una espectacular salvada para continuar encima de su moto.
Morbidelli 'arañó' algunas décimas a su mejor tiempo para rebajar la referencia de la categoría hasta el 1:30.673, secundado por Jorge Martín a poco más de dos décimas de segundo, pero con más de 40 minutos por delante. Lo que era seguro es que ese registro se rebajaría notablemente.
Prácticamente todos los pilotos entraron al unísono en sus talleres para hacer la primera parada, si bien Marc Márquez salió rápido a pista para continuar rodando y, tras su estela, se llevó al francés Fabio Quartararo (Yamaha YZR M 1).
Márquez, en su primera vuelta rápida con compuestos de neumáticos blandos en ambos ejes en la segunda salida, se puso primero con un tiempo de 1:30.590, en tanto que Pedro Acosta, con los mismos neumáticos con los que sufrió la caída, duro delante y blando detrás, subió hasta la tercera posición al rodar en 1:30.778 primero y después líder con 1:30.411, con 66 milésimas de segundo de adelanto sobre el ocho veces campeón del mundo, que también mejoró su registro personal.
En su segunda salida a pista el español Aleix Espargaró (Aprilia RS-GP) buscó un registro de vuelta rápida que le metiese entre los diez primeros, pero lo único que consiguió fue sufrir una caída en la curva dieciséis, aunque pudo regresar sobre la moto a su taller, que apenas sufrió daños en el carenado y manillar.
Poco a poco se fueron acercando al tiempo de 'Tiburón' Acosta otros pilotos, como el italiano Marco Bezzecchi (Ducati Desmosedici GP23), que se quedó a cuatro milésimas de segundo en su segunda salida a pista, mientras que el vigente campeón 'Pecco' Bagnaia, sufría y se encontraba en la decimoséptima posición.
En su siguiente salida a pista, la tercera, Jorge Martín ya se convirtió en referencia al rodar en 1:30.317, 94 milésimas de segundo más rápido que Acosta, y con todos los pilotos en pista, aunque el líder del mundial encadenó varias vueltas rápidas que le permitieron batir el récord absoluto del circuito al rodar en 1:29.670.
El francés Johann Zarco (Honda RC 213 V), que consiguió seguir el rebufo de Jorge Martín, ascendió hasta la segunda posición, pero lo hizo para quedarse a más de medio segundo del español, superado por el italiano Enea Bastianini poco después, aunque el vencedor en la segunda carrera de Misano Adriático se quedó a más de tres décimas de segundo.
Esos minutos finales volvieron a mostrar la intensidad de la competición, con todos los pilotos buscando entrar en la segunda clasificación directa, por lo que Enea Bastianini entabló una cerrada pelea por la segunda posición con Pedro Acosta, Marc Márquez y Maverick Viñales, hasta que a menos de nueve minutos del final consiguió su objetivo de batir el registro de Martín al rodar en 1:29.630.
Y fue entonces cuando el español Alex Márquez (Ducati Desmosedici GP23) se fue por el suelo en la curva dieciséis cuando seguía el rebufo de 'Pecco' Bagnaia, que de estar fuera de la segunda clasificación pasó a la séptima y a la tercera posición, si bien poco después le superó su compatriota Franco Morbidelli.
Así, lograron el pase a la segunda clasificación con Enea Bastianini, Jorge Martín, Franco Morbidelli, 'Pecco' Bagnaia, Marco Bezzecchi, Fabio Quartararo, Marc Márquez, Pedro Acosta, Fabio di Giannantonio y Maverick Viñales.
Obligados a pasar por la primera clasificación se encuentran pilotos como Alex Rins, Brad Binder, Aleix Espargaró, Jack Miller, Raúl Fernández, Joan Mir o Alex Márquez entre otros.