Algunas zonas aisladas de vegetación tipo cerrado pueden localizarse en las pocas elevaciones existentes. Recientemente se ha dividido la región en los biomas que se describen a continuación. Los siete primeros pertenecen al Chaco húmedo y los restantes, al Chaco seco.


Las llanuras de inundación de los ríos del Chaco están formadas por la faja deprimida que corre a lo largo de su margen derecha. La parte norte es influenciada por el Mato Grosso. Predomina la vegetación del tipo matorral de inundación con pajonales, palmares de karanda'y, embalses dominados por camalotes, bosques ribereños de sauce y lagunas.


El Alto Paraguay ocupa el extremo nororiental del departamento de igual nombre. Predominan los quebrachales de quebracho colorado, palmares de karanda'y, quebrachal de quebracho blanco y el palosantal-labonal.

El bioma de Fortín Torres incluye el centro-oeste del departamento de Alto Paraguay. En él predomina el matorral de salinas con vegetación arbustiva de chaparral, así como el quebrachal de quebracho colorado, palosantal-labonal, karanda'y y quebracho blanco.


Punta Riel se extiende por el sudeste del departamento de Alto Paraguay y el nordeste de Presidente Hayes. Varios riachos, como el Yacaré, cruzan esta región, mientras el río Verde corre en el sur. Predominan los quebrachales de quebracho colorado. Hay también karanda'y, quebracho blanco y samu'û , palosantales-labonales y bosques de galería.


Pozo Azul ocupa gran parte del sudeste de Presidente Hayes. Esta zona se halla regada por ríos, como el Monte Lindo, el Negro y el Confuso. Predominan palmares de karanda'y con formaciones de gramíneas atravesadas por bosques de galería.

La llanura de inundación del Pilcomayo corresponde a la faja que corre por la margen del río. Abundan matorrales de inundación mezclados con viñales, palosanto, quebracho colorado, labonales, esteros y embalsados.


La laguna Salada ocupa buena parte del noroeste del departamento Presidente Hayes. Se distingue una mezcla de quebrachales y samu'û o palo borracho, quebracho colorado, karanda'y, salitrales y palosanto. Hay lagunas de agua salobre, como las de Capitán y Ganso.

El Chaco central, en el centro mismo del Chaco, en las colonias menonitas. Predominan los quebrachales de quebracho blanco, que al este se convierten en quebrachales de quebracho colorado y palosantales-labonales. La vegetación herbácea es relativamente escasa.


El bioma Picada 108 ocupa el norte y el este del departamento de Boquerón. Allí predominan el quebracho blanco y samu'û, y el palosantal-labonal. La parte baja de los bosques está formada de cactus, bromelias y otras plantas espinosas.

En el extremo oriental del Chaco, cerca de Nueva Asunción, predominan las franjas de médanos con vegetación herbácea relativamente rala, que en las temporadas de lluvias se cubren de bellas flores. Hay también sabanas arbustivas.

Agua Dulce está formada por una sabana densa que ocupa prácticamente toda la zona norte, donde se encuentran los pocos picos orográficos importantes del Chaco seco, como son los cerros León, Chovoreca y Cabrera. Allí se encuentra la transición al bosque abierto. Predominan el quebracho blanco, samu'û, palosanto, y una parte de matorral de médanos.