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De acuerdo con los tipos de vegetación y sistemas orográficos predominantes, para el estudio de los biomas del Paraguay seguiremos el sistema propuesto por el Centro de Datos para la Conservación, que divide la región Oriental en diversas ecorregiones.
La ecorregión Aquidabán ocupa el Dpto. de Concepción y parte del Amambay. Es una planicie ondulada con mayor concentración y altura de colinas hacia el norte. La formación es la de cerrados de tipo sabana arbolada, donde uno de los árboles más notables y hermosos es el paratodo. También se encuentran bosques en galería, destacándose en ellos el ingá y el tarumá, bosques de colina, roquedales, lagunas, bañados, esteros y bosques en suelos saturados. El sistema fluvial de esta región está dominado por las cuencas de los ríos Apa y Aquidabán.
La ecorregión de Amambay, corresponde al área ocupada por la cordillera del mismo nombre y la de Mbaracayú; abarca gran parte del Dpto. de Amambay, y porciones de los de Concepción, San Pedro y Canindeyú. Predominan los bosques secos de colina, y los cerrados de pequeñas palmeras y árboles subterráneos. También hay bosques de suelos saturados, bosques en suelos inundados, cuevas, bosques semicaducifolios altos. Tiene su naciente gran cantidad de arroyos y ríos que forman la cuenca del río Paraguay, como el Apa, Aquidabán, Ypané, Jejuí, Aguaray Guazú.
La ecorregión Alto Paraná ocupa todo el departamento del mismo nombre y de Canindeyú, Itapúa, Caaguazú y Caazapá. Es una planicie con casi nada de ondulaciones. La formación predominante está integrada por bosques altos húmedos, con predominancia de palmitos e incienso. Otras formaciones características son las turberas, bosques en suelos saturados, semicaducifolios altos y medios, como trébol, guatambú y cedro.
La ecorregión selva central describe una franja que atraviesa en dirección norte-sur el centro de la región Oriental e incluye San Pedro, Caaguazú, Cordillera, Central y Paraguarí, Caazapá e Itapúa. Hay lagos, lagunas, esteros, bosques en suelos saturados, ríos, arroyos, nacientes de agua, bosques semicaducifolios altos y medios, donde crecen el kupay, el peterevy, lapacho rosado, cerrados; sabanas y acantilados.
La ecorregión litoral central ocupa una franja ancha a lo largo de la margen izquierda del río Paraguay e incluye los departamentos de San Pedro, Cordillera, Central y Paraguarí. Las formaciones características son lagunas, bañados, esteros, bosques en suelos saturados, ríos, arroyos, nacientes de agua, bosques semicaducifolios medios y abajos, donde sobresalen el timbó y el yvyrapyta; y sabanas, en parte dominadas por el cocotero paraguayo.
La ecorregión Ñeembucú ocupa el departamento del mismo nombre y el de Misiones, y parte de los de Paraguarí, Central, Caazapá e Itapúa. Se trata de una planicie baja, en gran parte inundada o anegadiza. Los pastizales son la vegetación predominante. Se encuentran islas de bosque sobre los sitios más elevados.
Se caracteriza por la presencia de bañados, esteros con vegetación herbácea y arbustiva, embalsados, bosques en suelos saturados e inundados; bosques semicaducifolios medios y bajos, y sabanas con karanday.