Entre las falencias que detectó la Contraloría General de la República se encontró que el jefe comunal de Lima Juan Manuel Ávalos realizó tarde el llamado a licitación para la distribución del almuerzo y debido a eso la entrega del kit de alimentos no perecederos durante el 2021 comenzó en setiembre y solo se hizo por 60 días de clases, debido a eso los estudiantes limeños en plena pandemia solo recibieron el kit de alimentos por dos meses. Ese año el intendente Ávalos recibió G. 2.851 millones en concepto de Fonacide, según consta en la planilla del Ministerio de Hacienda.
En tanto que, en el 2022, la Municipalidad de Lima volvió a hacer fuera de plazo la licitación para la provisión del almuerzo escolar y los alumnos una vez más recibieron recién el suplemento nutricional en setiembre. Además se constató que la empresa adjudicada no fue la misma firma que entregó los alimentos, situación que refleja la total falta de control municipal.
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Además se comprobó que los almuerzos preparados en las instituciones educativas no contaron con los ingredientes establecidos en el recetario aprobado por el Ministerio de Educación y Ciencias (MEC), requisito que debe ser cumplido por el municipio.También se constató que cada ración del almuerzo escolar distribuido durante el 2022 fue más pequeño a lo estipulado en el contrato, sin embargo, el intendente igual pagó el mismo precio.
Asimismo, según la Contraloría General, la administración de Juan Manuel Ávalos no tuvo un registro del control de calidad de los alimentos distribuidos por lo cual se puso en riesgo la salud de los escolares de Lima.
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Se comprobó que la comuna no llevó un registro ni controló los ingredientes que se utilizaron para la elaboración de las comidas en las instituciones educativas, tampoco cuenta con un registro de la recepción de los equipamientos y utensilios. Durante el 2022 la municipalidad recibió unos G. 576 millones en concepto de Fonacide, pero solo se entregó alimentos por 60 días.