El pedido de intervención ingresó al Ministerio del Interior el 6 de octubre del 2022 y el 30 de diciembre el ministro Federico González comunicó a la Comisión Permanente del Congreso. Hubo un retraso porque en un principio se dudó de la legitimidad de la actuación de la Junta Municipal. El pedido tuvo entrada oficial en Diputados durante la sesión ordinaria del 8 de marzo.
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El intendente afronta dos auditorías de parte de la Contraloría General de la República (CGR), cuyos auditores comenzaron a verificar las documentaciones municipales luego de reiteradas manifestaciones realizadas por los caapuqueños. Según la denuncia, Penayo no recibió dinero del Ministerio de Hacienda en concepto de royalties y Fonacide durante el 2022 porque no justificó qué hizo con los G. 1.900 millones que recibió durante el 2021.
Para tratar de levantar el bloqueo de Hacienda, Gustavo Penayo hizo una dudosa denuncia sobre extravío de chequera y con eso consiguió que la CGR le otorgará las constancias de rendición de cuentas, pero sigue sin justificar el uso del dinero.