Villa Elisa en su origen era una pequeña colonia de inmigrantes alemanes, daneses, belgas, suecos, escandinavos y finlandeses. Los primeros habitantes se dedicaban a la agricultura y actualmente el distrito es un polo comercial.
Según los datos, el 5 de marzo del año 1714, el gobernador Bazán de Pedraza funda “San Felipe de Borbón en el Valle del Bastán en los Campos del Guarnipitán”, actualmente Villeta, distrito del cual formaba parte Villa Elisa, que era colonia.
Tras la Guerra contra la Triple Alianza (1864-1870) la población del Paraguay quedó diezmada y para repoblarlo el Gobierno recibió a inmigrantes europeos a quienes entregó tierras para la producción agrícola y ganadera. Hacia el año 1890 un grupo de inmigrantes belgas fundan la Colonia Belga del Mbocayaty.
A los belgas se sumaron franceses e italianos. Trabajaron en la agricultura.
Los belgas migraron hacia Asunción y el gobierno optó por vender los terrenos al danés Emilio Johannsen, quien forjó la nueva comunidad, que en 1896 pasó a llamarse colonia Elisa en honor a su esposa, Elisa Von Poleski.
Llegaron nuevos habitantes a la colonia, eran grupos de inmigrantes escandinavos, suecos, finlandeses y alemanes. Se dedicaban a la producción frutihortícola en mediana escala porque no disponían de infraestructura y la mano de obra era escasa. Aún así exportaron sus productos a Europa.
Primera junta administrativa
La primera junta administrativa de Villa Elisa fue creada el 21 de junio de 1899 bajo la dirección de Emilio Johannsen. En tanto, el 22 de marzo de 1938 la Colonia Elisa fue elevada a la categoría de distrito mediante Decreto 5.417, creándose así una municipalidad de tercera categoría, siendo su primer presidente Von Poleski.
Por motivos de acefalía fue declarada en receso y, nuevamente el 20 de octubre de 1941, fue reorganizada. Ese mismo año Erick Lingren donó el predio para el local municipal.
Por decreto N° 5.373 del 7 de agosto de 1984, la Municipalidad de Villa Elisa fue elevada a primera categoría.
Desde el año 1970 la ciudad sufrió modificaciones en su estructura física al ser fraccionadas grandes propiedades, con lo que disminuyó el espacio para la producción agrícola. Esta situación, sumada a la cercanía a Asunción y la migración de gente del campo a la ciudad, en las últimas décadas produjo un acelerado crecimiento poblacional.
Con esa transformación la localidad tuvo un importante desarrollo cultural y comercial. Actualmente día importantes comercios e industrias están instalados en la zona y son generadores de fuentes de trabajo.