Además de la administración correcta y el uso adecuado del dinero de los contribuyentes, existen prioridades que las nuevas autoridades comunales deberán superar. En este municipio ganó el candidato colorado, José Luis Benítez (ANR). De esta forma, los colorados retornan al poder municipal después de 20 años de gobierno liberal.
Deja la administración comunal Juan Carlos Meza (PLRA), quien estuvo al frente de la Municipalidad desde noviembre del 2010. Meza realizó varias gestiones y obras como el alcantarillado sanitario, que se encuentra aún en etapa de ejecución. Este proyecto es del Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones (MOPC). La inversión es de US$ 5.000.000. Sin embargo, la obra sufrió un atraso y se desconoce la causa. Tampoco hay garantía de que la obra esté bien realizada para impedir una contaminación ambiental en la ciudad.
Además, existen serios cuestionamientos sobre la calidad de las instalaciones de tubería y de la planta de tratamiento de efluentes que se encuentra a una cuadra del vecindario. El MOPC traspasó la infraestructura a la Empresa de Servicios Sanitarios del Paraguay (Essap) SA, que ya emplazó a los usuarios a que al término de tres meses hagan la instalación domiciliaria, sin que aún termine la obra.
Tránsito
Uno de los problemas serios que deberá solucionar el nuevo intendente José Luis Benítez es el desorden en el tránsito automotor. En San Juan, además de las calles deterioradas, en medio del trajín diario existe un desorden vehicular. Falta ordenar el transito automotor y mejorar el control para garantizar el cumplimiento de las normas viales.
Las calles asfaltadas necesitan urgente reparación. Las arterias que forman parte de la circunvalación de la ciudad de San Juan Bautista, Misiones, principalmente por donde cruzan los camiones de gran porte, sufrieron deterioros y hundimientos. También es necesario mejorar el sistema de recolección de basura en el marco de un programa de aseo urbano.
San Juan fue considerada una de las ciudades más limpias. Sin embargo, en la última etapa de la administración de Meza, el cuidado urbanístico, la higiene y salubridad fueron perdiendo fuerza.
Cultura
Una deuda histórica que dejan las autoridades nacionales y municipales es el salón auditorio Agustín Pío Barrios, que aún no terminó. Si bien es una obra del Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones (MOPC) iniciada en el 2010 durante el gobierno de Fernando Lugo y siendo ministro de Obras Públicas Efraín Alegre, las autoridades municipales debieron haber exigido la conclusión de la infraestructura.
El salón se construyó dentro del proyecto de revitalización del casco histórico de San Juan, Misiones, pero en vez de revitalizarlo se cometieron atropellos contra patrimonios de la ciudad y la obra del salón auditorio en homenaje a Barrios quedó paralizada por más de 10 años.
No hay visos de solución al proyecto por desinterés tanto de las autoridades del gobierno central como local.