Según la propuesta, presentada en diciembre de 2020 por las bancadas del FG y el PDP, el organismo estará integrado por 3 representantes del Senado, 3 representantes de la Cámara de Diputados, 1 representante de la Procuraduría General de la República (PGR), 1 representante del Instituto Nacional de Desarrollo Rural y de la Tierra (Indert), 1 representante del Instituto Paraguayo del Indígena (INDI), 1 representante la Corte Suprema de Justicia (CSJ), 1 representante de la Dirección Genera de Registros Públicos (DGRP), 1 representante del Servicio Nacional de Catastro (SNC) dependiente del Ministerio de Hacienda, 1 representante del Departamento de Agrimensura y Geodesia del Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones.
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La Comisión Nacional será dirigida por uno de los representantes de la Cámara de Senadores, que actuará como presidente, y por uno de los representantes de la Cámara de Diputados, quien actuará como Vicepresidente, dependerá presupuestaria y administrativamente del Senado.
Su atribuciones serán la revisión de las tierras identificadas en el informe final de la Comisión de Verdad y Justicia para la cual todas los organismos y entidades del Estado están obligados a responder a los pedidos de informe, remitir documentación autenticada y comparecer ante la comisión en caso de ser citados.
También establecerán e implementarán mecanismos de participación social del movimiento campesino, de movimientos de lucha por la tierra y la vivienda digna en el ámbito urbano, de organizaciones de derechos humanos, de universidades y de otros sectores sociales comprometidos con la plena garantía de los derechos humanos en el país, para la definición de los mecanismos legales que permitan la recuperación de las tierras malhabidas, en concordancia con lo establecido en la Constitución Nacional.
Igualmente, podrán contratar referentes juristas especialistas en la temática y preparar propuestas legislativas que incluyan los procedimientos para la recuperación de las tierras malhabidas, en concordancia con lo establecido en la Constitución Nacional.
Realizar reuniones y audiencias públicas nacionales y departamentales ampliamente participativas para la presentación de las conclusiones.
Según establece también el proyecto la comisión nacional presentará su informe final y las propuestas legislativas para la recuperación de las tierras malhabidas en un plazo máximo de 1 año.