Los registros históricos de la Compañía de Jesús (Jesuitas) indican que la actual capital del departamento de Itapúa, Encarnación, fue fundada como una reducción para evangelizar a los nativos guaraníes por el misionero jesuita Roque González de Santa Cruz el 25 de marzo de 1615. El acto se realizó en la margen izquierda del río Paraná, donde se encuentra asentada la ciudad de Posadas (Argentina).
Una enorme roca instalada en las cercanías de donde estuvo ubicado el puerto de lanchas de Posadas indica el punto geográfico donde el primer santo paraguayo, Roque González de Santa Cruz, fundó la reducción durante su trayecto hacia las Misiones, situadas más aguas arriba por el río Paraná.
En un alto en el camino, el religioso encontró un lugar ideal como punto de descanso, considerando las características geográficas, como un gran lago que se desprendía del curso del río y que años más tarde se conoció como Laguna San José. Era un sitio tranquilo para atracar las embarcaciones.
Una gran roca que emergía del agua se convertía en un importante punto de referencia y daría lugar al nombre de “Ytapúa”, que en idioma guaraní significa “punta de piedra”.
Una enorme roca rescatada del río e instalada como un monumento natural en la ribera, en el año 1970, en ocasión de la celebración del centenario de la ciudad de Posadas, recuerda el sitio aproximado del emplazamiento de aquella precaria misión jesuítica, que con el paso del tiempo fue abandonada y luego trasladada a la margen derecha en su proceso de recuperación.
Se cree que esta roca es la punta de una enorme piedra que sobresalía del agua y que había sido utilizada como un punto de referencia por el misionero Roque González de Santa Cruz para establecer la nueva misión.
La fundación coincidió con la celebración del día de la Encarnación de la Virgen María, por lo que el misionero decidió bautizar a la misión con este nombre y le agregó el término guaraní Ytapúa (con ‘y’ se escribió originalmente) haciendo referencia a esta característica natural del lugar.
Es decir, de acuerdo a los registros históricos, la denominación original de la ciudad fue “Nuestra Señora de la Anunciación de la Encarnación de Ytapúa”.
En la actualidad es un portentoso polo de desarrollo turístico, con su emblemática playa San José, ubicada a orillas del río Paraná, decenas de hoteles de lujo y locales gastronómicos, su tradicional carnaval, con más de cien años de vigencia, que se realiza cada año entre enero y febrero.
La Municipalidad, administrada por Luis Yd (Alianza), impulsa una campaña para imponer “La Perla del Paraguay” como slogan de la capital de Itapúa.