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Con 38 años de edad, Stroessner fue confirmado en el cargo de comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas durante el gobierno de Federico Chávez. Tres años después, el comandante de la Caballería y sostén militar del presidente Chávez, Néstor Ferreira, destituyó al mayor Virgilio Candia de su cargo de jefe del Regimiento de Caballería 3, sin previa comunicación a Stroessner. Viendo en peligro su poder militar, Stroessner decide realizar un golpe contra el Gobierno.
El 4 de mayo de 1954, Stroessner llevó adelante el operativo, anulando la Caballería y atacando a la Policía. El arquitecto Tomás Romero Pereira, titular del Partido Colorado, asumió como presidente interino tras unos días de incertidumbre. Según registros históricos, esta asunción habría sido parte de un acuerdo con el caudillo colorado Epifanio Méndez Fleitas, quien convenció a Stroessner de que esperara la oportunidad de ser jefe de Estado constitucional. Dos meses después se llevan a cabo las elecciones, donde sólo habían votado afiliados al Partido Colorado. Alfredo Stroessner asume el 15 de agosto la Presidencia del Paraguay.
Pocos meses después se inicia la persecución política en contra de los opositores al Gobierno. El 22 de febrero de 1955, Stroessner dio de baja a 17 cadetes y varios oficiales del Colegio Militar, acusados de conspiración. Así se inicia una serie de ataques represivos hacia grupos de personas o individuos considerados comunistas o de estar en contra del Gobierno de Stroessner.
El 17 de octubre de 1955 comienza la institucionalización de la dictadura stronista, con la Ley 294 de Defensa de la Democracia. Esta ley permitió al régimen acusar de comunistas a cualquier opositor. También instituyó la obligatoriedad de la delación, por lo que todo funcionario estaba obligado a denunciar a supuestos opositores, o de lo contrario podrían ser también acusados.
A finales de ese año, Stroessner comienza a demostrar que no compartiría su poder, con la destitución del titular del Banco Central, Epifanio Méndez Fleitas, quien lo había apoyado para obtener el respaldo del Partido Colorado y tendría aspiraciones de sustituir a Stroessner en el siguiente periodo electoral. Luego de su destitución, los adherentes de Epifanio Méndez Fleitas fueron perseguidos, lo que fue considerado como la primera gran purga dentro del Partido Colorado y las Fuerzas Armadas.
La población comenzó a demostrar abiertamente su disgusto, el 10 de abril de 1956, con grandes manifestaciones callejeras contra Stroessner. La “floja” participación del ministro del Interior, Tomás Romero Pereira, logró su destitución. Stroessner designó en su reemplazo a Édgar L. Ynsfrán, nombró al coronel Ramón Duarte Vera como jefe de Policía y a Erasmo Candia como jefe de Investigaciones, iniciando así lo que pasó a ser denominado como el terrorismo de Estado sistematizado.
En 1957, el Partido Colorado decidió respaldar a Stroessner nuevamente, para lo cual difundió el Acta de Cerro León. El año entrante, Stroessner asumió nuevamente como presidente, para el periodo 1958 al 1963, tras realizarse comicios en los que no se presentaron opositores. Los actos represivos continuaron sistemáticamente.
Durante el primer año de su segundo turno en el Gobierno, Stroessner disuelve el Congreso, el 30 de mayo. Los congresistas más prominentes, todos colorados, fueron detenidos y desterrados, logrando eliminar el último vestigio de oposición que le quedaba en esa organización política. Meses después, el Partido Liberal y el Partido Revolucionario Febrerista rechazaron una invitación del Gobierno para participar en elecciones para una nueva Cámara de Representantes.
Acabado el segundo periodo presidencial, Stroessner asumió nuevamente la Presidencia en 1963, tras “vencer” al candidato del Partido Liberal, Ernesto Gavilán. Durante este tercer periodo, Stroessner modificó la Constitución Nacional, que establecía que el presidente podía ser reelecto sólo una vez. La nueva constitución del 25 de agosto de 1966 habilitó a Stroessner para dos reelecciones más.
En octubre de 1969, las tensiones con la Iglesia Católica se acrecentaron, con la expulsión del padre Francisco Oliva, iniciando una serie de confrontaciones entre ambos poderes. El conflicto culmina tres años después, con la expulsión de los sacerdotes jesuitas, con la intención de suprimir la influencia de estos religiosos sobre los jóvenes de la clase media y varios grupos de campesinos a los cuales organizaron.
La detención arbitraria y represión de opositores al poder se extendió a toda la región, cuando el 25 de noviembre de 1976 nace en Chile la llamada Operación Cóndor. Significó la organización de los sistemas represivos de Argentina, Brasil, Bolivia, Chile, Paraguay y Uruguay mediante un acuerdo mutuo entre los países. A partir de la fecha, cualquier ciudadano extranjero exiliado podía ser detenido, torturado, asesinado o entregado al país de origen.
La represión contra la prensa se agudizó el 18 de junio de 1979, con la suspensión del diario Última Hora y La Tribuna. En 1984, Stroessner clausuró el diario ABC Color, que había adoptado una fuerte línea opositora al régimen dictatorial. Un año después, Radio Ñandutí cerró sus emisiones luego de que Antelco desate una feroz guerra de interferencias contra la emisora.
El creciente descontento de distintos sectores, incluyendo dentro del mismo Partido Colorado, además de la pérdida del apoyo de Estados Unidos tras la caída de la Cortina de Hierro, llevó finalmente a un levantamiento militar encabezado por el general Andrés Rodríguez. En 1989, Stroessner fue apresado y exiliado del país. El 16 de agosto del 2006, el dictador murió en Brasil sin ser juzgado ni condenado por sus crímenes.