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Cuando saltó el escándalo con los rubros de docentes, se reveló que Peralta nombró a cuanto pariente de sangre o político y allegados podía. Los “defensores” del ahora exrector indicaron que el mismo tenía la “potestad” para hacerlo y que en todo caso se debían cambiar los estatutos de la UNA.
Sin embargo, la imputación fiscal que pesa en su contra por inducción a cometer hecho punible, y por lo cual está preso en el Departamento Judicial de la Policía Nacional (por el lapso de 5 días, ya que luego pasará a Tacumbú), revela que, seis meses después de acceder al alto cargo, Peralta armó el esquema para desangrar a la UNA con nombramientos de personas que no cuentan con el título habilitante, y pervirtió el sistema de nombramiento.
El 29 de abril de 2014, Froilán, entonces decano de la Facultad de Veterinaria, fue elegido como rector de la UNA, ya en medio de un escándalo por estar “apadrinado” por el criticado senador colorado Juan Calos “Calé” Galaverna.
De acuerdo a la imputación de los fiscales Martín Cabrera y Josefina Aghemo, en fecha 2 de octubre de 2014, Peralta quitó la resolución Nº 2254/2014, por la cual “equipara a la docencia los cargos previstos en el anexo de personal del Rectorado de la Universidad Nacional de Asunción y se establece el perfil requerido para ocupar dichos cargos”.
El Ministerio Público indica que esto fue clave para realizar los nombramientos de personas que ahora están imputadas por cobro indebido de honorarios (ver facsímil). “Dicha resolución habría tenido el fin de dar validez a los nombramientos realizados por el mismo, tanto en su carácter de decano de la Facultad de Veterinaria y posteriormente como rector de la Universidad Nacional de Asunción”, dice la imputación de los fiscales.
En otra parte, el Ministerio Público hace hincapié en que los 12 funcionarios imputados “no contaban con la idoneidad técnica requerida, ni mediando concurso público de oposición de títulos, méritos y aptitudes”.
De esta forma, Froilán violó claras disposiciones de la Ley de Educación Superior, según la cual debe regirse, en atención a que indistintamente de que los cargos sean equiparados a la docencia, se deben reunir ciertos requerimientos. Se cita por ejemplo que para los cargos de docente investigador y docente técnico indefectiblemente se requiere título de grado y para el cargo de Auxiliar de Laboratorio y Auxiliar de Enseñanza, mínimamente se debe acreditar poseer experiencia e idoneidad.