La piedra fundamental fue colocada el 15 de abril de 1945 por monseñor Juan Sinforiano Bogarín.

El obispo de la diócesis cordillerana refirió que la Basílica es “fruto del aporte de cada paraguayo, con el sistema hormiga, que llevó 61 años para llegar al fin de su construcción”.

El proyecto original había sido elaborado por el Arq. Miguel Angel Alfaro, ex intendente municipal de Asunción, inspirado en las monumentales basílicas del renacimiento europeo. Pero la obra sufrió grandes modificaciones con el paso del tiempo hasta que fue continuada por los arquitectos Silvio Feliciángeli, Edilio Morales y Rodrigo Castillo hacia 1975, con un carácter más sencillo y funcional.

Junto con otros dos santuarios en el mundo (la de Czestochowa, en Polonia, y Montserrat, en Catalunya, España), la Basílica de Caacupé es la única a nivel mundial que reúne las condiciones esenciales de fe y nacionalidad de un país.