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En la época de la independencia se acentuó la presencia paraguaya en el Chaco aunque no mucho más allá del río Paraguay. Al mismo tiempo, Asunción seguía sufriendo el acoso de grupos indígenas belicosos de allende el río, y también la incursión de los portugueses en el norte del país.
El doctor José Gaspar Rodríguez de Francia comenzó de inmediato, tras asumir su primera dictadura perpetua (1814), la construcción y refuerzo de los fortines sobre el río Paraguay para contener los ataques indígenas. El 25 de diciembre de 1823, el Dictador cambió el nombre del Fuerte Borbón por el de Olimpo.
La independencia de la República de Bolivia, proclamada el 6 de agosto de 1825, en un Acta de la Asamblea General de Diputados de las Provincias del Alto Perú, solo alude a los territorios de Charcas, Potosí, Cochabamba, La Paz y Santa Cruz, sin que se haga mención del Chaco o se apunte algún derecho o acto posesorio sobre el mismo.