En el siglo XVII, con la ampliación de la explotación ganadera y lanar de las reducciones jesuíticas de Santa María de Fe, se ha instalado una comunidad indígena encargada de esos establecimientos y lo denominaron San Miguel.
En esa época también se dio inicio al trabajo en lana en los telares, con la venida de especialistas traídos por los jesuitas, quienes enseñaron a los nativos y les inculcaron en este trabajo, y ya después de la expulsión de los jesuitas, los lugareños quedaron con esta práctica.
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Si bien el origen de la ciudad de San Miguel, Misiones, se pierde en la larga noche colonial, la administración política del pueblo estuvo a cargo de los jefes políticos y jueces de Paz hasta la elevación a la categoría de distrito, que se dio el 15 de julio de 1902, cuando se la dotó de una Junta Económico-Administrativa.
Ese día, por medio de un decreto del presidente Héctor Carballo, refrendado por el ministro del Interior Eduardo Fleitas, se eleva a la categoría de distrito a San Miguel, Misiones, y se crea su primera Junta Económico-Administrativa.
Esta estuvo presidida por Luis Saccarello, a quien le secundó en la vicepresidencia Alejandro Rodríguez. Los vocales nombrados fueron Heriberto Roa, Cosme Ramírez, Ramón Verón y Luciano Rolón.
Con la promulgación de la Ley municipal número 22 del 31 de julio de 1954, reglamentada por el decreto número 10.185 del 31 de julio de 1954, se declaró a San Miguel como distrito de tercera categoría, administrado a partir de allí por una Junta Municipal, cuyo presidente hacía las veces de Ejecutivo.
La historia de la iglesia de San Miguel Arcángel
En pleno siglo XVIII, una antigua posta de las misiones jesuíticas dio origen a una capilla, pero recién en 1844 aparecieron testimonios de su existencia y de la población de su entorno. En 1853, la pequeña capilla fue ampliada y bajo la advocación de San Miguel Arcángel se configuró como un templo de notables dimensiones.
Por orden del presidente Carlos Antonio López y para incrementar su jerarquía, fueron trasladados hasta allí el retablo jesuita perteneciente a la capilla de Loreto de San Ignacio Guazú e imágenes sacras desde la iglesia de Santa María de Fe.
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En 1975 parte del antiguo templo fue derribado y fue reducido a una mera capilla; tras esa consecuencia, los pobladores de la zona iniciaron la construcción de un nuevo templo en la parte posterior de la hoy antigua iglesia.
Hoy 15 de julio la “capital de la lana”, la ciudad de San Miguel, Misiones, conmemora 121 años de elevación como municipio; este distrito se encuentra a 188 kilómetros al sur de la capital del país, Asunción, sobre la ruta Py 01.