El déficit de precipitaciones durante los últimos meses genera un problema de navegabilidad en los principales ríos del país, en especial del río Paraguay y Paraná.
En el puerto de Concepción esta en 0,80 metros y su histórico mínimo es de 0,34 cuya medición se realizó el 7 de enero del 1968. En tanto que en Asunción el mínimo hoy es de -0.30 metros y su mínimo histórico fue el año pasado cuando llegó a bajar a -0,54 metros.
En tanto que en Alberdí el nivel del río Paraguay hoy es de 0,34 metros y su nivel más bajo llegó a 0.03 medido el 31 de diciembre del 2008, en el puerto de Pilar actualmente el río está en 0,55 en tanto que allí el mínimo historico fue el 6 de octubre de 1944 que midió -0,49.
El río Paraná también tiene similar panorama preocupante, por ejemplo en Ayolas está en 0,9 metros, en tanto que su mínimo histórico fue el 13 de setiembre del 2007 cuando llegó a cero. En Encarnación el río actualmente está en 10 metros, en tanto que el mínimo allí es de 8,3 metros.